1997年9月，中國外輪理貨總公司宜昌分公司在宜昌港成立并投入營運。

　1998年7月，經湖北省人民政府批準，宜昌港二類水運口岸正式對外開放，宜昌港口岸聯檢中心掛牌。年度集裝箱吞吐量完成3076標箱，外貿進出口量由長江沿線港口第25位躍升至第6位，躋身湖北省水運口岸“二強”之列 。

　1999年4月，50噸浮吊正式定點作業，口岸集裝箱碼頭通過能力增強，同年榮獲省級“文明口岸”光榮稱號。

2000年集裝箱吞吐量2212標箱。

2001年榮獲省級“文明口岸”光榮稱號，年度集裝箱吞吐量2012標箱。

2002年集裝箱吞吐量3173標箱。

2003年11月，水運口岸集裝箱新碼頭（專用集裝箱泊位2座，40噸門式起重機一臺，件雜貨碼頭一座）通過驗收正式啟用。榮獲省級大通關先進單位、省級“文明口岸”稱號，年度集裝箱吞吐量4404標箱。

　2004年，集裝箱管理系統交付使用，年度集裝箱吞吐量7453標箱。

　2005年，新增堆場面積7000平方米，貨物中轉堆存倉庫交付使用，榮獲省級“文明口岸”稱號，年度集裝箱吞吐量12075標箱。

　2006年，集裝箱吞吐量20757標箱。

　2007年，集裝箱吞吐量31789標箱。

　2008年，集裝箱吞吐量42496標箱。

　2009年11月，宜昌市財政局對從宜昌口岸開通的始發集裝箱班輪開始實施財政專項資金獎勵；年度集裝箱吞吐量10118標箱。

　2009年，集裝箱吞吐量44455標箱。

　2010年，集裝箱吞吐量53586標箱。

　2011年，集裝箱吞吐量61080標箱。

　2012年9月，云池作業區監管場所通過武漢海關現場驗收；10月，云池作業區獲得中華人民共和國武漢海關監管場所注冊登記證書，原十四碼頭作業區海關監管場所注銷；同年榮獲“省級文明口岸”榮譽稱號，年度集裝箱吞吐量76260標箱。

　2013年1月，宜昌市商務局、財政局出臺《宜昌水運口岸集裝箱始發班輪專項獎勵辦法》，擴大了獎勵范圍，提高了獎勵標準，為宜昌水運口岸始發班輪開行和增加密度提供了政策保障和有力支持；8月，宜昌水運口岸（云池港）推介會隆重舉行，市政府領導及市直相關部門、各縣市區商務局、船貨代公司和外貿企業代表共100余人參加；年度集裝箱吞吐量103,028標箱，成為湖北省第二個突破10萬標箱的水運口岸。

　2014年4月，宜昌水運口岸取得熱處理資質，熱處理庫正式啟用；年度集裝箱吞吐量125896標箱。

　2015年3月，碼頭無線終端系統投入運營，有效降低人工操作失誤率、提高效率，大大改善港口運營環境；年度集裝箱年吞吐量130519標箱。

　2016年5月，武漢長偉及上海錦鈺兩家船公司與口岸開展始發班輪合作，始發班輪共達409航次，平均每周8個航次，實現“天天班”；10月，取得集裝箱內外貿同船運輸資質，口岸通關效率進一步提高；年度集裝箱年吞吐量150600標箱。

2017年8月，宜昌市政府副市長周正英赴云池港調研宜昌港開放工作，宜昌港口岸開放升級工作全面啟動；10月，中外運湖北公司第三條“宜昌—武漢”始發班輪在宜昌云池港水運口岸啟航；12月，海關H986大型集裝箱檢查設備安裝項目在云池港順利通過驗收；年度集裝箱年吞吐量突破17萬標箱。

   2018年2月，云池港列入啟運港退稅政策范圍；7月，長江宜昌段首個貨運碼頭船舶岸電供電樁落地云池港；11月，宜昌港華物流與中谷海運、驛動天下物流（湖北）有限公司及武漢鐵路局宜昌車務段合作，開辟了南昌-宜昌-成都（重慶）集裝箱鐵水聯運線路；年度集裝箱年吞吐量151800標箱。

2019年8月，宜昌市委書記周霽到云池港調研全市港口物流產業集聚發展情況，聽取港口運行情況匯報，強調要充分發揮水運口岸作用，推動宜昌外向型經濟實現更好發展；11月，云池港開辟“宜昌-重慶”集裝箱始發班輪航線并舉行首航儀式。

      2020年初，新冠肺炎疫情襲來，云池港開通的綠色運輸通道讓防疫物資及民生物資得以順暢流通，為枝江奧美醫療、興發化工、安琪酵母等“停不得”企業忙不停，有效保障了本地外貿進出口企業需求，充分發揮了水運口岸功能；6月，云池港打通東部沿海至渝東南水公鐵路聯運新通道；8月，“車陽河港-云池港”小支線始發航班開通，開辟了鄂西片區貨物物流新通道。